请教关于VQSR的一些问题

老师您好，我想请教一下，假如我的X染色体是根据PAR区域设置了倍性，那么在后续的VQSR时可以将X染色体和常染色体放在一起建模吗？我想，X染色体和常染色体在VQSR的建模参数中应该只有DP会受到一些影响（一半的样本为男性导致的，即使忽略了PAR区域的倍性把男性作为二倍体也是如此），不知道老师在Nature的论文中是如何操作的呢