SingleCellR

• assays 表达矩阵(行为基因，列为细胞)
• rowData 基因注释
• colData 样本注释(metaData，细胞的元数据)
• ruducedDims (Rows = Cells，行为细胞，降维的结果)

对单细胞测序的学习，跟着流程走‘CNS图表复现’走

jimmy的单细胞课程

初级分析

• 单细胞转录组基础分析一：分析环境搭建
• 单细胞转录组基础分析二：数据质控与标准化
• 单细胞转录组基础分析三：降维与聚类
• 单细胞转录组基础分析四：细胞类型鉴定
• 单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类
• 单细胞转录组基础分析六：伪时间分析
• 单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析
• 单细胞转录组基础分析八：可视化工具总结

高级分析

• 单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正
• 单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析
• 单细胞转录组高级分析三：细胞通讯分析
• 单细胞转录组高级分析四：scRNA数据推断CNV
• 单细胞转录组高级分析五：GSEA与GSVA分析
• 单细胞转录组高级分析六：TCGA生存分析
• 单细胞转录组高级分析七：整合scATAC数据
• 单细胞转录组高级分析八：整合V(D)J数据